Fundusz gwarancyjny jest elementem systemu gwarantowania rozliczeń w IRGiT. Wykorzystany jest jedynie w przypadku niewypłacalności Uczestnika Izby, gdy depozyty zabezpieczające okażą się niewystarczające do pokrycia kosztów zamknięcia jego pozycji. Składa się z wpłat wnoszonych przez poszczególnych Uczestników proporcjonalnie do wysokości zaangażowania na rynku. Aktualizacja wpłat do funduszu gwarancyjnego następuje w okresach miesięcznych.